다른 미대륙 개척자들과 마찬가지로 초기 후기 성도들도 건강 문제에 대해 강박 관념이 있었다. 대부분의 치료제가 안전하지 않은 것으로 밝혀졌으며, 마을 전체를 도는 질병이 자주 발생했다. 상한 음식, 더러운 물, 전반적 위생 시설 부족 등으로 장 질환이 발생했는데, 이는 농촌 지역 사람들에게서 가장 흔히 발생하는 질병이었다. 개인적인 위생이라고 해 봤자 손과 얼굴을 물로 씻어내고 몸에 묻은 먼지를 수건이나 걸레로 털어 내는 것이 전부였다. 비누는 집을 청소하고 빨래하는 데 쓰였지만, 몹시 거칠었던 탓에 피부에는 사용하지 않았다.
꼬박꼬박 몸을 씻는 사람이 거의 없었고 쓰레기 처리 문제가 지속적으로 발생한 탓에 거름 냄새, 화장실 냄새, 땀 냄새, 퇴비 냄새 등이 마을과 도시 구석구석에 배어 있었다. 도시에 사는 사람들은 길거리에 쓰레기를 내놓아 돼지들이 돌아다니다가 먹게 하곤 했으며, 농부들은 많은 경우 쓰레기를 땅에 묻었다. 공중위생 상태가 전반적으로 좋지 않았던 데다 쓰레기 처리의 어려움까지 겹쳐 전염병이 만연했다. 그 이후 1세기가 지난 후에야 세균의 작용으로 질병이 발생한다는 사실이 밝혀져 공중위생 상태가 광범위하게 개선되었다.
호흡기 질환 역시 급속도로 증가했다. 19세기에 많은 미국인들은 인체에 네 가지 체액이 있으며, 이것들이 균형을 잃을 때 병이 생긴다는 이론을 믿었다. 이러한 통념으로 인해 19세기 초반 열병 치료법 대부분은 사혈, 즉 인체에서 체액의 균형을 되찾기 위해 병자의 피를 뽑아내는 행위를 수반했다. 당시 내과 의사를 비롯해 여러 의사들은 때로 자신도 모르게 환자의 상태를 악화시키기도 했다.
더운 여름이면, 모기로 인해 말라리아와 황열병과 같은 질병이 돌았다. 사람들은 독감에 걸리고, 혈액 접촉 및 먼지 내 미생물로 인해 결핵에 걸렸다. 도시에서는 전염병이 무서운 기세로 창궐했다. 1804년 뉴욕시 사망 원인의 1/4이 결핵이었다. 접종을 통해 천연두를 예방할 수 있었지만, 많은 사람들은 그에 따른 감염과 어쩌면 사망까지도 이를 수 있다는 점을 두려워했고, 수십 년 동안 의사들은 실험 의학에 회의적인 환자들을 치료하는 데 어려움을 겪었다. 대부분 사람들은 식기 등 가정용품을 소독하거나, 자주 몸을 씻거나, 의사의 진단을 따르기보다는 민간요법에 의지하곤 했다.
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